بعد دخول الفيروس إلى الجسم يقوم بالتعرف على الخلايا المستهدفة في الجسم، بواسطة مستقبلات خاصة تُحْمَل على سطح الخلايا الجسمية، أو الدموية، أو حتى الخلايا النسيجية. وتسمى هذه المستقبلات "س د 4" (CD4).

         فعند دخول الفيروس إلى الجسم يقوم جليكوبروتين "ج ب 120" بالبحث عن الخلايا الحاملة لمستقبلات "س د 4"، وعند التعرف عليها يقوم بالالتحام بغشائها الخلوي دافعاً مادته الوراثية إلى داخل الخلية، حيث ينحل خيط الحامض النووي ر ن ا الفيروسي، وبواسطة "إنزيم النسخ العكسي" يتحول هذا الخيط إلى خيط الحامض النووي د ن ا الفيروسي، وبواسطة الإنزيم نفسه يعاد تركيب القواعد الأمينية في خيط النووي د ن ا الفيروسي.

         وبعد ذلك يقوم " الإنزيم المدمج" بإدماج خيط الحامض النووي د ن ا الفيروسي في الخيط المزدوج للحامض النووي د ن ا الخلوي. ويسمى خيط الحامض النووي د ن ا الفيروسي الذي أُدْمِج في نظيره الخلوي بمبدئ الفيروس (Proviral DNA)، إذ يعمل على توجيه الخلية لإنتاج مادة وراثية خاصة بالفيروس بدلاً من أن تكون خاصة بالخلية الأصلية. وعند تكوين المادة

الوراثية الخاصة بالفيروس التي تتركب من خيط الحامض النووي "ر ن ا" "RNA" ، يعمل كل جين من الجينات على تكوين الجزء الخاص به من الفيروس مستخدماً في ذلك المواد الأولية الموجودة في الخلية. فيقوم جين الحافظة (env)  بإعطاء إشارة لتكوين الحافظة من بروتينات الخلية وسكرياتها، ويقوم جين إنزيم النسخ العكسي (pol) بإعطاء الإشارة لتكوين إنزيم النسخ العكسي. وهكذا تبدأ الخلية المصابة في إنتاج فيروسات جديدة.

         تنقسم عدوى فيروس نقص المناعة البشري إلى ثلاثة مراحل، وذلك بحسب الأعراض التي تظهر على المريض.

المرحلة الأولى: تبدأ منذ دخول الفيروس إلى الجسم وحتى وصوله إلى العقد الليمفاوية، وفيها يقوم الفيروس بالتعرف على الخلايا التي يمكنه مهاجمتها، ثم يهاجمها دافعاً مادته الوراثية داخلها. وعند وصول الخلايا المصابة إلى العقد الليمفاوية يكون الفيروس قد تمكن منها، فتبدأ بإنتاج أفراد جديدة من الفيروس التي تهاجم خلايا جديدة.

المرحلة الثانية: تبدأ من بداية ظهور الفيروس في الدم وحتى بداية ظهور الأعراض على المريض. وخلال هذه المرحلة، يقوم الفيروس بالدوران مع الدم ليصل إلى جميع أجهزة الجسم و أعضائه، فيصيب خلاياه المختلفة.

         ونظراً إلى وجود الفيروس في الدم يُثار الجهاز المناعي، ويبدأ في محاربة الفيروس، الأمر الذي يؤدي إلى كمون الفيروس داخل الخلايا المصابة. ونتيجة لذلك تمتد تلك المرحلة إلى فترات طويلة تصل إلى سنوات. إلا أن هذه المرحلة لا تزيد عن سنة واحدة في الأطفال وذلك لضعف جهازهم المناعي.

المرحلة الثالثة: وتبدأ بظهور الأعراض على المصاب حتى وفاته، وهي المرحلة التي يطلق عليها مرض الإيدز. وفيها يكون الفيروس قد تمكن من القضاء على عدد كبير من الخلايا الليمفاوية، كما يكون قد تمكن من مهاجمة عدد آخر من خلايا الجسم الحاملة لمستقبلات س د4.

         ونظراً إلى الانخفاض الشديد في عدد الخلايا الليمفاوية يصبح الجسم عرضة لأنواع مختلفة من الميكروبات المعروفة باسم الميكروبات الانتهازية.